张芮菡
邮箱：zhangruihan@ynu.edu.cn
职称：副研究员（硕士生导师）
地址：云南大学呈贡校区药学院，国家重点实验室1栋1422
教育经历
2013.10-2016.12，德国癌症研究中心/海德堡大学，生物学 (生物物理学方向)，理学博士，获德国DFG Excellence Initiative博士奖学金资助
2010.09-2013.07，中国科学院上海药物研究所，药物设计学，理学硕士
2006.09-2010.07，浙江大学化工系，制药工程，工学学士
工作经历
2023.04-至今，云南大学，药学院，自然资源药物化学教育部重点实验室，副研究员
2019.11-2023.04，云南大学，教育部自然资源药物化学重点实验室，副研究员
2017.08-2019.11，云南大学，教育部自然资源药物化学重点实验室， 助理研究员
2015.04-2015.06，美国印第安纳州普渡大学，药物化学与分子药理学系，短期访问研究
研究领域
1) 基于靶标的活性分子研究：将现有和自主开发的计算机辅助药物研究方法运用在药物发现、靶标寻找、结构优化和作用机制研究中。
2) 针对天然药物研究的计算方法开发：运用人工智能领域的机器学习和系统生物学中的网络分析方法，发展针对天然产物的预评估和靶标预测方法。
奖励荣誉和学术任职
云南大学“东陆青年学者”，2023
云南省“千人计划”青年人才项目，2019
云南大学“东陆中青年骨干教师”培育计划，2018
执教课程与教学成果
主讲《计算机辅助药物分子设计》，《药物设计实验》， 《新药的诞生》
主持2022年云南大学教育教学改革研究项目：面向创新型人才培养的《计算机辅助药物设计》课程教学改革研究
科研项目
1) 云南省基础研究计划优秀青年项目，基于人工智能的表观遗传调控活性分子发现， 2023.06-2026.05，主持
2) 国家自然科学基金地区项目，深度学习驱动的组蛋白修饰酶抑制剂发现， 2023.01-2026.12，主持
3) 云南省基础研究计划面上项目，天然来源的SYK抑制剂发现、优化和抗自身免疫疾病的应用， 2022.06-2025.05，主持
4) 国家自然科学基金青年项目，基于机器学习和网络分析的天然产物抗炎活性-靶标预测研究， 2020.01-2022.12，主持
5) 云南省基础研究计划青年项目，三萜骨架HDAC抑制剂的结构改造、构效关系和抗炎活性研究， 2019.04-2022.12，主持
代表性论文
1)Zhang, R.#;Wu, Z. #; Wang, H. R. #; Ji, M. H.; Shen, T. Z.; Yang, L. H.; Li, Y. M.; Yu, J. L.; Huang, Y. Q.; Li, L. Y.; et al. Structural optimization and pharmacological evaluation of diphenyl amine esters as anti-hepatocellular carcinoma agents by targeting TAR RNA-binding protein 2. European Journal of Medicinal Chemistry 2025, 291. DOI: ARTN 117676, 10.1016/j.ejmech.2025.117676.
2) Ni, D. X. #; Chen, X. C. #; Wang, H. R.; Shen, T. Z.; Li, X. L.; Liang, B.; Zhang, R.*; Liu, R. *; Xiao, W. L*. Design, synthesis and biological evaluation of 4,6-diarylquinoxaline-based KDM4D inhibitors. Bioorganic & Medicinal Chemistry 2024, 114. DOI: ARTN 11794510.1016/j.bmc.2024.117945.
3) Wang, L. W.; Zhang, X. C.; Huang, Y. Q.; Xu, Z. H.; Ni, D. X.; Li, X. L.; Ke, Y. F.; Xiao, W. L. *; Zhang, R.* Design and synthesis of novel pyrrolo[2,3-]pyrimidine derivatives as potent JAK3 and SYK dual inhibitors. Journal of Molecular Structure2024, 1318. DOI: 10.1016/j.molstruc.2024.139213.
4) Zhang, R.#; Xie, X#. R.; Ni, D. X. #; Wang, H. R.; Li, J.; Xiao, W. L. MT-EpiPred: Multitask Learning for Prediction of Small-Molecule Epigenetic Modulators. Journal of Chemical Information and Modeling 2023, 64 (1), 110-118. DOI: 10.1021/acs.jcim.3c01368.
5) Lu, Q. #; Zhang, R.#; Zhou, H.; Ni, D.; Xiao, W.; Li, J. MetaHMEI: meta-learning for prediction of few-shot histone modifying enzyme inhibitors. Briefings in Bioinformatics 2023, Article; Early Access. DOI: 10.1093/bib/bbad115.
6) Zhang, R.#; Ren, S.#; Dai, Q.; Shen, T.; Li, X.; Li, J.*; Xiao, W.*, InflamNat: web-based database and predictor of anti-inflammatory natural products. Journal of Cheminformatics 2022, 14, 30.
7)Zhang, R.; Li, X.; Zhang, X.; Qin, H.; Xiao, W.*, Machine learning approaches for elucidating the biological effects of natural products. Natural Product Reports 2021, 38, 346-361.
8) Ni, D.#; Wang, Q.#; Li, Y.#; Cui, Y.; Shen, T.; Li, X.; Sun, H.; Zhang, X.; Zhang, R.*; Xiao, W.*, Synthesis of nigranoic acid and manwuweizic acid derivatives as HDAC inhibitors and anti-inflammatory agents. Bioorganic Chemistry 2021, 109, 104728.
9) Di, Q.#; Zhao, X.#; Zhang, R.#; Ma, X.; Liang, X.; Li, X.; Gao, J.; Tang, H.; Chen, W.*; Xiao, W.*, Novel clerodane-type diterpenoid Cintelactone A suppresses lipopolysaccharide-induced inflammation by promoting ubiquitination, proteasomal degradation of TRAF6. Pharmacological Research 2021, 164.
10) Zhang, X.#; Zhong, W.#; Liu, R.#; Wang, Y.; Luo, T.; Zou, Y.; Qin, H.; Li, X.*; Zhang, R.*; Xiao, W.*, Structurally Diverse Labdane Diterpenoids from Leonurus japonicus and Their Anti-inflammatory Properties in LPS-Induced RAW264.7 Cells. Journal of Natural Products 2020, 83, 2545-2558.
11)Zhang, R.; Lin, J.; Zou, Y.; Zhang, X.; Xiao, W.*, Chemical Space and Biological Target Network of Anti-Inflammatory Natural Products. Journal of Chemical Information and Modeling 2019, 59, 66-73.
12)Zhang, R.; Liu, Z.; Yang, D.; Zhang, X.; Sun, H.; Xiao, W.*, Phytochemistry and pharmacology of the genus Leonurus: The herb to benefit the mothers and more. Phytochemistry 2018, 147, 167-183.
13) Gao, J.#; Yang, S.#; Yan, Z.; Zhang, X.; Pu, D.; Wang, L.; Li, X.; Zhang, R.*; Xiao, W.*, Isolation, Characterization, and Structure-Activity Relationship Analysis of Abietane Diterpenoids from Callicarpa bodinieri as Spleen Tyrosine Kinase Inhibitors. Journal of Natural Products 2018, 81, 998-1006.
14)Zhang, R.; Erler, J.; Langowski, J.*, Histone Acetylation Regulates Chromatin Accessibility: Role of H4K16 in Inter-nucleosome Interaction. Biophysical Journal 2017, 112, 450-459.
