张芮菡
邮箱：zhangruihan@ynu.edu.cn
职称：副研究员（硕士生导师）
地址：云南大学呈贡校区药学院，国家重点实验室1栋1422
教育经历
2013.10-2016.12，德国癌症研究中心/海德堡大学，生物学 (生物物理学方向)，理学博士，获德国DFG Excellence Initiative博士奖学金资助
2010.09-2013.07，中国科学院上海药物研究所，药物设计学，理学硕士
2006.09-2010.07，浙江大学化工系，制药工程，工学学士
工作经历
2023.04-至今，云南大学，药学院，自然资源药物化学教育部重点实验室，副研究员
2019.11-2023.04，云南大学，教育部自然资源药物化学重点实验室，副研究员
2017.08-2019.11，云南大学，教育部自然资源药物化学重点实验室， 助理研究员
2015.04-2015.06，美国印第安纳州普渡大学，药物化学与分子药理学系，短期访问研究
研究领域
1) 计算机辅助药物设计方法开发：运用基于人工智能和基于知识的模型算法，发展针对药物研发的活性与靶标预测方法。
2)基于靶标的药物先导分子发现：结合现有和自主开发的计算机辅助药物研究方法，针对重大疾病的新兴药物治疗靶标，开展活性苗头高效发现、靶标探索、结构优化和药效研究。
奖励荣誉和学术任职
云南大学“东陆青年学者”，2023
云南省“千人计划”青年人才项目，2019
云南大学“东陆中青年骨干教师”培育计划，2018
执教课程与教学成果
主讲《药物设计实验》，《新药的诞生》
主持2022年云南大学教育教学改革研究项目：面向创新型人才培养的《计算机辅助药物设计》课程教学改革研究
主持2025年云南大学“铸牢中华民族共同体意识——五个认同”专题课程思政示范课程建设项目
获得2024年云南大学第十八届教师课堂教学比赛三等奖
科研项目
1) 国家自然科学基金地区项目，基于多目标进化算法的PI3K双靶标抑制剂设计, 2027.01-2030.12，32万元，主持
2) 云南省基础研究计划面上项目，MEK抑制剂的设计合成与抗头颈鳞癌活性研究， 2026.06-2029.05，10万元，主持
3) 云南省基础研究计划优秀青年项目，基于人工智能的表观遗传调控活性分子发现， 2023.06-2026.05，30万元，主持
4)国家自然科学基金地区项目，深度学习驱动的组蛋白修饰酶抑制剂发现， 2023.01-2026.12，33万元，主持
5) 云南省基础研究计划面上项目，天然来源的SYK抑制剂发现、优化和抗自身免疫疾病的应用， 2022.06-2025.05，10万元，主持
6) 国家自然科学基金青年项目，基于机器学习和网络分析的天然产物抗炎活性-靶标预测研究， 2020.01-2022.12，21万元，主持
7) 云南省基础研究计划青年项目，三萜骨架HDAC抑制剂的结构改造、构效关系和抗炎活性研究， 2019.04-2022.12，5万元，主持
代表性论文
1) Ni, D. #; Wang, T. #; Yang, J. #; Wang, L.; Shao, Y.; Huang, F.; Xu, S.; Liu, P.; Liu, X.; Ji, Y.; Zhang, R.*; Rong, C. *; Xia, W. *. Discovery of Diaryl Pyrimidine-Guanidine Derivatives as Jumonji C Domain-Containing Lysine Histone Demethylase (KDM) Inhibitors with In Vivo Anti-Cervical Cancer Activity. Journal of Medicinal Chemistry 2026. DOI: 10.1021/acs.jmedchem.6c01994.
2) Zhang, R.#; Wu, Z.#; Wang, H.; Ji, M.; Shen, T.; Yang, L.; Li, Y.; Yu, J.; Huang, Y.; Li, L.; Xu, Z.; Sheng, Y.; Li, X.; Wang, F. *; Xiao, W *. Structural optimization and pharmacological evaluation of diphenyl amine esters as anti-hepatocellular carcinoma agents by targeting TAR RNA-binding protein 2. European Journal of Medicinal Chemistry 2025, 291.
3) Zhang, R. #; Xie, X. #; Ni, D. #; Wang, H.; Li, J. *; Xiao, W. * MT-EpiPred: Multitask Learning for Prediction of Small-Molecule Epigenetic Modulators. Journal of Chemical Information and Modeling 2023, 64 (1), 110-118.
4) Lu, Q.#; Zhang, R.#; Zhou, H.; Ni, D.; Xiao, W.; Li, J. MetaHMEI: meta-learning for prediction of few-shot histone modifying enzyme inhibitors. Briefings in Bioinformatics 2023. DOI: 10.1093/bib/bbad115.
5) Zhang, R.#; Ren, S.#; Dai, Q.; Shen, T.; Li, X.; Li, J.*; Xiao, W.*, InflamNat: web-based database and predictor of anti-inflammatory natural products. Journal of Cheminformatics 2022, 14, 30.
6) Zhang, R.; Li, X.; Zhang, X.; Qin, H.; Xiao, W.*, Machine learning approaches for elucidating the biological effects of natural products. Natural Product Reports 2021, 38, 346-361. (ESI高被引论文)
7) Ni, D.#; Wang, Q.#; Li, Y.#; Cui, Y.; Shen, T.; Li, X.; Sun, H.; Zhang, X.; Zhang, R.*; Xiao, W.*, Synthesis of nigranoic acid and manwuweizic acid derivatives as HDAC inhibitors and anti-inflammatory agents. Bioorganic Chemistry 2021, 109, 104728.
8) Zhang, R.; Lin, J.; Zou, Y.; Zhang, X.; Xiao, W.*, Chemical Space and Biological Target Network of Anti-Inflammatory Natural Products. Journal of Chemical Information and Modeling 2019, 59, 66-73.
9) Gao, J.#; Yang, S.#; Yan, Z.; Zhang, X.; Pu, D.; Wang, L.; Li, X.; Zhang, R.*; Xiao, W.*, Isolation, Characterization, and Structure-Activity Relationship Analysis of Abietane Diterpenoids from Callicarpa bodinieri as Spleen Tyrosine Kinase Inhibitors. Journal of Natural Products 2018, 81, 998-1006.
10) Zhang, R.; Erler, J.; Langowski, J.*, Histone Acetylation Regulates Chromatin Accessibility: Role of H4K16 in Inter-nucleosome Interaction. Biophysical Journal 2017, 112, 450-459.
