药学院对标《药学类专业教学质量国家标准》和《药学本科专业认证标准》，本科生培养模式分为校内培养和学校与医院、药学相关企事业单位、科研院所联合培养。建立以“1+3”为主体、逐步拓展为“1+3+X”的药学人才培养体系，推动本科教育+研究生教育的有效衔接。采用“三”导师制（生活导师、校内导师、校外导师）联合培养，拓展“1+3”教育模式，第1学年修读基础课程，第2-4学年进入专业课学习，同时进入药学院导师科研课题组进行科研训练。其中，三年级下学期按照培养方向进行分流。可以选择天然药物化学方向、药物合成化学方向、药物质量控制方向、化学生物学方向继续学习。在第4学年可选择进入联合培养单位或基地（企业、附属医院或科研院所），在校外导师的指导下进行科研实践训练。通过构建学生科研训练和职业训练经历，加强自主性学习、合作性学习、探究性学习等学习能力的培养，提升沟通交流能力。

药学院积极开展国内外合作交流，与北京大学、清华大学、南开大学、复旦大学、兰州大学、四川大学、香港中文大学、中科院上海药物研究所、中科院上海有机所、中科院昆明植物研究所、中科院昆明动物研究所、美国宾夕法尼亚大学、新加坡南洋理工大学、缅甸曼德勒大学等国内外大学和科研院所建立了良好的长期合作关系；与云南白药股份有限公司、昆药集团股份有限公司、云南贝泰妮生物科技集团股份有限公司、云南省药物研究所等药学领域企业联合建立了实践教学基地，为本科药学专业办学提供了较高的起点和广阔的合作前景。此外，通过“校外名师讲学计划”，邀请国内外药学院校著名教授到校讲授本科生专题讲座课、前沿进展课，着力建设专业核心课；依托省院省校合作项目，促进国内一流高校优秀师资参与药学专业人才培养。